Em Portugal, a Fundação Dom Manuel II actua em várias áreas, entre elas o tratamento e classificação do acervo histórico, pertencente à Fundação, a atribuição de bolsas de estudo individuais (8 neste momento), além da atribuição de outras bolsas de estudo a centros paroquiais para colmatar pedidos de conclusão de estudos. A Fundação apoia regularmente, através de donativos, a Associação Prémio Infante Dom Henrique, destinada a jovens estudantes, as Irmãzinhas dos Pobres – instituição acarinhada pelo Rei Dom Manuel II, centros paroquiais e obras missionárias que fazem o acompanhamento sócio-caritativo na ajuda às famílias necessitadas e mais debilitadas.
Em conjunto com a Investigação 3 B’s – Universidade do Minho e o Município de Guimarães, a Fundação instituiu e patrocina o Prémio Príncipe da Beira Ciências Biomédicas. O objetivo deste galardão é premiar novos caminhos na investigação aplicada e ética no domínio das Ciências.
O prémio The Duke of Edinburgh`s International Award Portugal é destinado a premiar o desenvolvimento pessoal e social dos jovens, através de actividades voluntárias e desafiadoras.
A Fundação vem dando ao longo dos anos vários donativos a Centros Paroquiais, que ajudam famílias carenciadas e às Irmãzinhas dos Pobres.
Restauro do Manto da Rainha Dona Amélia que se encontra que se encontra no Museu dos Coches.